Hijo del ingeniero Rafael Chaparro Beltrán y la profesora Amintia Madiedo, pasó su infancia y adolescencia en el barrio Niza, que posteriormente fue tema de varios artículos periodísticos suyos. Estudió en el Colegio Helvetia y en la Universidad de los Andes, en la facultad de Filosofía y Letras. Con dos compañeros, funda allí una revista, Hojalata y conoce a Jorge Mario Eastman, gracias al cual comienza a trabajar como redactor cultural en la revista Consigna. En 1987 se gradúa con una tesis sobre Heidegger. Viaja a Montpellier, y al regresar comienza trabajar en el diario La Prensa.
En 1989 conoce a Ava Echeverri, su esposa hasta 1993; ese mismo año viaja a Cuba donde asiste al curso de guiones de García Márquez . Al año siguiente Paula Arenas lo invita a trabajar en Zoociedad, de Cinevisión. Más tarde colabora en otros proyectos televisivos como La Brújula mágica y Quack (en este último junto a Jaime Garzón).
La novela ,Opio en las nubes, cuyo ritmo y mezcla de técnicas narrativas hacen pensar en un James Joyce influenciado por el LSD y adicto al rock, ha sido duramente atacada por la crítica literaria más conservadora, que la considera una obra banal. Mientras tanto, muchos jóvenes de la cultura subterránea colombiana lo han convertido en un libro de culto. Pero es incuestionable que su éxito entre el publico -principalmente juvenil- trasciende su país de origen y es leído en diferentes partes del mundo.
En los días pasados ha salido de imprenta su libro póstumo llamado "El pájaro Speed y su banda de corazones maleantes" manteniendo el ritmo y el estilo caracteriztico del autor.
También existe un libro que reúne los relatos y artículos publicados por el autor en el periódico la prensa entre otros llamado "Zoológicos Urbanos. Historias mutantes" con apuntes y narraciones sobre su Bogotá y su vida cotidiana.
Rafael Chaparro murió el 18 de abril de 1995 en la clínica Santa Fe, en Bogotá, víctima de Lupus.