“أنت تجد في الشرق أحد اثنين .. تجد من يرفض العلم اكتفاء بالدين والقرآن .. و تجد من يرفض الدين اكتفاء و عبادة للعلم المادي و الوسائلالمادية .و كلا الاثنين سبب من أسباب النكبة الحضارية في المنطقة .. و كلاهمالم يفهم المعنى الحقيقي للدين و لا المعنى الحقيقي للعلم .”

“إن تجار العنف و سماسرة الانقلابات لايكفون عن الترويج لبضائعهم الخاسرة طلباً للسلطة و الجاه و التحكم و الدنيا و لأهداف و غايات و مصالح لا علاقة لها بالدين و إن اتخذوا الدين ستاراً و مطية إلي غايتهم د.مصطفي محمود في كتابه "السؤال الحائر" ينزع الستار عن من يرفعون شعار الدين طلباً للسلطة”

“الدين ماهو ؟الدين ليس حرفه و لا يصلح ان يكون حرف.. و لا يوجد في الاسلام وظيفه اسمها رجل دين و مجموعه المناسك و الشعائر التي يؤديها المسلم يمكن ان تؤدي في روتينيه مكرره فاتره خاليه من الشعور فلا تكون من الدين في شئ و ليس عندنا زي اسمه زي اسلامي .. و الجلباب و السروال و الشمروخ و اللحيه و اعراف و عادات يشترك فيها المسلم والبوذي و المجوسي و الترزي و مطربو الديسكو و الهيبي لحاهم اطول و ان يكون اسمك محمداً او علياً او عثمان لا يكفي ان تكون مسلماً و ديانتك علي البطاقه هي الاخري مجرد كلمه و السبحه و التمتمه و الحمحمه و سمت الدراويش و تهليله المشايخ احيانا يباشرها الممثلون بأجاده اكثر من اصحابها و الرايات و اللافتات و المجامر و المباخر و الجماعات الدينيه احيانا يختفي ورائها التأمر و المكر السياسي و الفتن و الثورات التي لا تمت الي الدين بسببماهو الدين اذن ؟”

“و أخطأ مرة ثالثة حينما تصور أنا الكيمياء و الطبيعة و الكهرباء علوم و أنالدين خرافة .و لو انه فكر قلي لا لأدرك أن الكيمياء و الطبيعة و الكهرباء هي في الواقععلوم جزئية تبحث في الجزيئات و العلاقات و المقادير و الكميات .. و أنالدين علم كلي يبحث في الكليات .. بل هو منتهى العلم لأنه يبحث فيالبدايات الأولى للأشياء و النهايات المطلقة للأشياء , و الغايات النهائيةللوجود , و المعنى العالم للحياة و المغزى الكلي للألم .”

“الدين الحق لا يناقض العلم لأن الدين الحق هو منتهي العلم …إن نظام الكون لم يرتعد أمام منظار جاليليو و إنما الذي ارتعد هو نظام الكهنوت …إن عصرنا في حاجة إلي ديانة عصرية إنسانية مصفاة من أدران الكهانات متفتحة للجديد من كل علم و معرفة خالية من التعصب و العنصرية عالمية واحدة .. فالله واحد و نواميسه واحدة …”

“الجاذبية غيبٌ لا أحد يعرف كنهها..لم ير أحدٌ الأعمدة التي ترفع السماوات بما فيها من نجوم و كواكب.و نيوتن نفسه و هو صاحبُ النظرية يقول في خطاب إلى صديقه بنتلي:"إنه لأمر غير مفهوم أن نجد مادة لا حياة فيها و لا إحساس تؤثر على مادة أخرى و تجذبها مع أنه لا توجد بينهما أي علاقة!"فها هي ذي نظرية علمية نتداولها و نؤمن بها و نعتبرها علمًا، و هي غيبٌ في غيب!ليس للعلم أن يحتجّ على الغيبيات بعد أن غرق حتى أذنيه في الغيبيات!”

“يسهل علي كل صاحب دعوي أن يتاجر و أن يزايد في أي موضوع إسلامي و لكن يستحيل عليه أن يتاجر في محمد عليه الصلاة و السلام و لا أن يزايد عليه و لا أن يساوم في سنته و محمد عليه الصلاة و السلام و الصفوة من أولي الألباب من صحابته كانوا مثالاً في حب العلم و في استزادة منه و كانوا أهل تفكر لا أهل تعصب د.مصطفي محمود يوجه سهام النقد للمتشددين و المتعصبين الذين لم يأخذوا عن النبي سوي اللحية و الجلباب في كتابه "السؤال الحائر”