“إن تجار العنف و سماسرة الانقلابات لايكفون عن الترويج لبضائعهم الخاسرة طلباً للسلطة و الجاه و التحكم و الدنيا و لأهداف و غايات و مصالح لا علاقة لها بالدين و إن اتخذوا الدين ستاراً و مطية إلي غايتهم د.مصطفي محمود في كتابه "السؤال الحائر" ينزع الستار عن من يرفعون شعار الدين طلباً للسلطة”
“يسهل علي كل صاحب دعوي أن يتاجر و أن يزايد في أي موضوع إسلامي و لكن يستحيل عليه أن يتاجر في محمد عليه الصلاة و السلام و لا أن يزايد عليه و لا أن يساوم في سنته و محمد عليه الصلاة و السلام و الصفوة من أولي الألباب من صحابته كانوا مثالاً في حب العلم و في استزادة منه و كانوا أهل تفكر لا أهل تعصب د.مصطفي محمود يوجه سهام النقد للمتشددين و المتعصبين الذين لم يأخذوا عن النبي سوي اللحية و الجلباب في كتابه "السؤال الحائر”
“ليس الدين وحده هو الذي يدعونا إلي الأخلاق و ضبط النفس و التحكم في شهواتنا و إنما حضارتنا و أعرافنا و تراثنا ثم خبرة حياتنا الخاصة و معاناتنا الذاتية و تجاربنا و اقتناعنا الشخصي.”
“الدين ماهو ؟الدين ليس حرفه و لا يصلح ان يكون حرف.. و لا يوجد في الاسلام وظيفه اسمها رجل دين و مجموعه المناسك و الشعائر التي يؤديها المسلم يمكن ان تؤدي في روتينيه مكرره فاتره خاليه من الشعور فلا تكون من الدين في شئ و ليس عندنا زي اسمه زي اسلامي .. و الجلباب و السروال و الشمروخ و اللحيه و اعراف و عادات يشترك فيها المسلم والبوذي و المجوسي و الترزي و مطربو الديسكو و الهيبي لحاهم اطول و ان يكون اسمك محمداً او علياً او عثمان لا يكفي ان تكون مسلماً و ديانتك علي البطاقه هي الاخري مجرد كلمه و السبحه و التمتمه و الحمحمه و سمت الدراويش و تهليله المشايخ احيانا يباشرها الممثلون بأجاده اكثر من اصحابها و الرايات و اللافتات و المجامر و المباخر و الجماعات الدينيه احيانا يختفي ورائها التأمر و المكر السياسي و الفتن و الثورات التي لا تمت الي الدين بسببماهو الدين اذن ؟”
“الدين الحق لا يناقض العلم لأن الدين الحق هو منتهي العلم …إن نظام الكون لم يرتعد أمام منظار جاليليو و إنما الذي ارتعد هو نظام الكهنوت …إن عصرنا في حاجة إلي ديانة عصرية إنسانية مصفاة من أدران الكهانات متفتحة للجديد من كل علم و معرفة خالية من التعصب و العنصرية عالمية واحدة .. فالله واحد و نواميسه واحدة …”
“الذي دعانا إلي ضبط شهواتنا ليس القسيس و لا الواعظ إنما هو تراكم الخبرات و التجارب عبر ألوف السنين … ملايين الأخطاء و المحن التي مرت بها الإنسانية و استولدت منها الحكمة و العبرة و الضمير و أقامت صرح الحضارة.الشيطان يحكم - د.مصطفي محمود”
“إن الإنسان ليضحى بلقمته و بيته و فراشه الدافئ فى سبيل أهداف و مثل و غايات شديدة التجريد كالعدل و الحق و الخير و الحرية”