“Negara akan hancur sekiranya kita mempunyai orang yang berliterasi tetapi tidak terdidik (literate uneducated) yang mempunyai keahlian dan kemahiran yang tinggi dalam ilmu sains Barat tetapi tidak mempunyai nilai adab, akhlak dan etika yang murni. Kita memerlukan manusia yang mempunyai gabungan dan kesepaduan antara dua akal seperti yang diajukan oleh Islam untuk membangunkan diri, masyarakat, negara dan dunia ini keseluruhannya.”

“Ibarat manusia tanpa keperibadian, universiti moden tidak mempunyai pusat yang sangat penting dan tetap, tidak ada prinsip-prinsip utama yang tetap, yang menjelaskan tujuan akhirnya. Ia tetap menganggap dirinya memikirkan hal-hal universal dan bahkan menyatakan memiliki fakulti dan jurusan sebagaimana layaknya tubuh suatu organ - tetapi ia tidak memiliki otak, jangan akal (intellect) dan jiwa, kecuali oleh dalam suatu fungsi pengurusan murni untuk pemeliharaan dan perkembangan jasmani. Perkembangannya tidak dibimbing oleh suatu prinsip yang akhir dan tujuan yang jelas, kecuali oleh prinsip nisbi yang mendorong mengejar ilmu tanpa henti dan tujuan yang jelas.”

“Pada prinsipnya kita bersetuju bahawa pandangan manusia, dan oleh kerananya ilmu-ilmu yang dibangunkan olehnya, dalam bidang apapun tidak boleh dikultuskan dan dianggap absolut. Hanya ilmu Tuhan yang mutlak (absolute). Menyedari keterbatasan ilmu manusia ini maka kita harus bersifat terbuka dalam menerima kepelbagaian pandangan, dan pada tahap ini kita bersetuju dengan idea pluralisme. Namun apabila kita berbicara mengenai konteks yang lebih besar iaitu tentang kebenaran dan realiti, dan bukan sebatas kebenaran dan realiti yang ditayangkan oleh akal fikiran manusia semata, tetapi suatu yang ditayangkan oleh pandangan alam Islam maka kita harus berhati-hari kerana ia melibatkan bukan hanya ilmu manusia tetapi juga ilmu Tuhan yang telah disampaikan kepada manusia melalui para nabi dan rasulNya. Oleh kerana itu dalam konteks Islam tiada pluralisme agama kerana di sini kita berbicara tentang wahyu dan makna-makna yang dibangun oleh al-Qur’an itu sendiri, dan bukan semata-mata hasil budaya dan produk sejarah manusia.”

“Pluralisme dan kebhinnekaan sudah kita pahami bersama bahwa engkau dan aku berbeda dia dan saya tidak sama mereka dan kita tidak serupa. Itu sudah selesai. Semua orang sudah tahu. Yang belum selesai itu adalah bagaimana engkau dan aku yang tidak sama itu dia dan kita yang tidak serupa itu kamu dan kami yang tidak sebangun itu mempunyai hak yang sama peluang yang sama kedudukan yang sama harkat yang sama marwah yang sama dalam kehidupan bernegara” - Mukhlis PaEni”

“Pernyataan bahwa sekularisasi mempunyai akarnya di dalam kepercayaan Injil dan merupakan natijah dari ajaran Injil, tidak didukung oleh fakta sejarah. Akar sekularisasi bukan adlam kepercayaan kitab Injil, melainkan di dalam tafsiran manusia Barat terhadap kepercayaan kitab tersebut; ini bukanlah buah dari ajaran Injil, tetapi natijah dari sejarah panjang perseteruan dalam filsafat dan metafisika antara pandangan alam (worldview) manusia Barat yang bersandarkan agama dengan yang rasionalis murni.”

“Jangan trauma dengan pengkhianatan masa silam. Jangan bimbang dengan pengkhinatan masa akan datang. Tetapi binalah cita-cita besar yang mampu ’meremehkan’ semua itu. Dengan cita-cita besar kita akan menjadi raja. Bukan raja untuk berbangga tetapi raja yang mempunyai keyakinan diri dan kemurnian reputasi. Biarlah anjing menyalak bukit. Bukit tidak akan runtuh. Begitulah orang yang menikam kita dari belakang… kerana dia hakikatnya lemah penakut dan tidak punya keyakinan diri untuk bertarung secara berdepan”