“Keunggulan institusi keilmuan dalam sejarah Islam, seperti juga dalam sejarah agama besar dan tamadun lain, bergantung kepada keunggulan ilmuwan di dalamnya berdasarkan nilai atau mutu sebenar ajarannya dan keutuhan peribadinya, bukan sekadar jumlah karyanya.”

“Tiada malapetaka yang lebih besar jika institusi pengajian tinggi -yang seharusnya menjadi taman untuk pengembangan ilmu, penghormatan kepada kewibawaan ilmu dan ilmuwan- tidak meletakkan ilmu sebagai keutamaan dan menjadikan ilmu, ulama dan institusi ilmu hanya sebagai alat kepentingan ekonomi, politik atau peribadi; dan apabila institusi ilmu hanya menjadi taman mengutip untung kebendaan sementara, atau untuk menempah kedudukan dan nama. Ini merupakan suatu krisis dan malapetaka kepada sesebuah tamadun manusia, dan tiada kezaliman yang lebih besar kepada tamadun insan daripada kezaliman ini.”

“..babak sinthesis sedang di ambang pintu. Yang jelas, semua yang telah terjadi akan abadi dalam ingatan bangsa ini dan umat manusia sepanjang abad, tak peduli orang suka atau tidak. Para pengarang akan menghidupkannya lebih jelas dalam karya-karyanya. Para pembunuh dan terbunuh akan menjadi abadi di dalamnya daripada sebagai pelaku sejarah saja. Topeng dan jubah suci akan berserakan.”

“Pernyataan bahwa sekularisasi mempunyai akarnya di dalam kepercayaan Injil dan merupakan natijah dari ajaran Injil, tidak didukung oleh fakta sejarah. Akar sekularisasi bukan adlam kepercayaan kitab Injil, melainkan di dalam tafsiran manusia Barat terhadap kepercayaan kitab tersebut; ini bukanlah buah dari ajaran Injil, tetapi natijah dari sejarah panjang perseteruan dalam filsafat dan metafisika antara pandangan alam (worldview) manusia Barat yang bersandarkan agama dengan yang rasionalis murni.”

“Jelasnya, keutamaan al-Quran untuk menitikberatkan perbuatan dan proses mengetahui daripada tempat fizikal ilmu. Proses berfikir dan mengetahui dalam al-Quran dijelaskan oleh beberapa kata kerja seperti 'aqila, faqiha, tafakkara, hasiba, zanna, i'tibara, tadabbara dan hakima yang semuanya mesti bermula daripada data dan fakta persepsi indera. Pemikiran dalam Islam seharusnya berteraskan fakta atau data sama ada tentang alam, tabii, hakikat fizikal dan psikologi manusia dan aliran sejarah. Malahan, dalam pemikiran dan renungan mengenai kewujudan Allah yang ghaib umpamanya, al-Quran menarik perhatian akal manusia supaya berhujah daripada persekitara tabii, sejarah dan kejiwaannya dan pengalamannya, yang bertebaran di sepanjang halamannya.”

“Pada prinsipnya kita bersetuju bahawa pandangan manusia, dan oleh kerananya ilmu-ilmu yang dibangunkan olehnya, dalam bidang apapun tidak boleh dikultuskan dan dianggap absolut. Hanya ilmu Tuhan yang mutlak (absolute). Menyedari keterbatasan ilmu manusia ini maka kita harus bersifat terbuka dalam menerima kepelbagaian pandangan, dan pada tahap ini kita bersetuju dengan idea pluralisme. Namun apabila kita berbicara mengenai konteks yang lebih besar iaitu tentang kebenaran dan realiti, dan bukan sebatas kebenaran dan realiti yang ditayangkan oleh akal fikiran manusia semata, tetapi suatu yang ditayangkan oleh pandangan alam Islam maka kita harus berhati-hari kerana ia melibatkan bukan hanya ilmu manusia tetapi juga ilmu Tuhan yang telah disampaikan kepada manusia melalui para nabi dan rasulNya. Oleh kerana itu dalam konteks Islam tiada pluralisme agama kerana di sini kita berbicara tentang wahyu dan makna-makna yang dibangun oleh al-Qur’an itu sendiri, dan bukan semata-mata hasil budaya dan produk sejarah manusia.”